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Detail infomation of NONBRAT004005.1

General info


NONCODE TRANSCRIPT IDNONBRAT004005.1
NONCODE Gene IDNONBRAG003543.1
ChromosomeA07
Start Site19065675
End Site19069134
Strand+
Exon Number1
CNCI Score-0.3869508
Length3459
AssemblyIVFCAASv1(Brapa_1.0)
Other transcript VersionsNone

Sequence


>NONBRAT004005.1
ATTAACTCGTTTATAAGACAAATATCACCGTTACAATTTTCTTTTTGTTGGAAAAAAAGTACTAGAAATTTGATAATATCTCAAACTTAATCATATGATCTCTGTCTACTCATTTTTCTTTTCTCGTCATCGTTACTGTTATTATATTATAAAACTACCCATTTATAAAACGGACGAATGATGTAATTTGGGCATAAAATCAGCATAACCGTCATAACCAACATCACATTAAAGAAGTGGTGGTCACTTTTTTAACCAATTGGAGAACATCTCACCGTCGGAGACGGTATCTGCCGACCGCTCTCAAACCATTTTTGTGTATATGGACGTCGTTTTATAACGAATAACAGTTTTAGAGATCCAATGAAGTTTCTCTACGGGTCGTTCCACCCTTTTAATGTATCTATCCTCTGTTTTGTTGTTAACTTATGATATTTTCTAATTTTCTTTCCGTTGAGTTTACTTCCTATTGTAAGCGTCAAAGCCCATGTGGTCTTTAACTTAATATAAGCAATAGTTGGGCTAGTGGGGGCTTTGCAGGCGGAGCCTACCTAACTTTATCAAAGAAGAGGCATTTGAGAAAAGGTATTGTTAGTTGAAAGTTGACACTGACGGCAAACACACATTGGTAGCTGCATTGTTTTTTCTTTTACTTCTCTATTTCTTTGTATAATCCATCACCGATTACACCAAACATCATTCACTTATTCTAGATTTAATGAATATAATGACTTCATTCATGCATGCATTAGAATCATGCTACAAAATGTCGTGTACCATATTACCATCAGCGACTACGGAGTATTTTCAGAAAATAGTCTCCTTTTATAACAATACATTCTGTGTGTGTTTTAGTGGAGGATAGGAACTCCATCAATTTTATTGTTAGTGATTCAAATATCATACACCTAGCTCCCACATCCTTTTTTTTTCCTTTTCCACTAAACTAAAGTGGTTTTACTAGATCTTATACAAGTATTTAATAGGGTAATTTCATTTTTACCACAAGATACTTAACTATAATTATTTCTTGAATAAGATAGTTCGCTGCATCTTGTTCAAATATTAAATATATAAAAAGTTGAATTACAAAGGCTTCATTCATATACTGACCATTGCAAATTAATGTTGCTCGGCTAATATGTGTTTGTGGTTCAATCAGTTTTAGTTAGTATAATTTAGAATACCATTCATGACTTAAATGTTTAATCGAAACCCTTTTACGTGTAGTAAACTAATTAAAATTATCATTCCTAATTTCATGATAGCCTAAATTTTTCCTTTTATTATATATCCGGTGATGAGTTTTTCGTTTCGTTTCAAAAACTGTTATGCATGAGACGCATGTGAAATGTGGAACATGGGAAACTTGGTTTCAGACTTTTTGGTACATGCACATATTTGGATATACCTTAAGATGTTGTCCCAGCTTGCTAGTGTTTGATTTTGCTATTTAACGATAACATACTATTGTTCTCAAGTCATTTACTATCTCTATCATGATCCAAAAAATTAGATCTGCCTCGCATTCTATTAATCCAATCATAAAAAGGGAGAAAGAAGTATAAAAAATTAACATGTAGTTAATCTTATTGGTATCATTTCATTCAAGAATTTAACATTTTACCCAAAAAAATTCATTTGATTCAAGAATTCAAGATAGACTATTGGATGGTTCACACATTGCATATCTCGTCTGGTATATTTGGATGAACTTTTATAGAAGTACAGTGATCTATTTAAATTACTGGTCAACATTGAACCCCATGATAAAACTAATGTTTACTAAAAAAAAAAAAACTAAATACAATTTGCATGCATAACATCTTTCAATGGACAAAGGGGTAGTTCCTGAACCTACCACATCAAGATTCGTTAAAAAGAGACTACATTTAAATATTGATACGAAAAATTAATGTAAAAGGAACGGTGGGAAGACATGAATCACGCGTCGAAGACACACCTACCCGGAGGGTTTTTAGAGAGGCAACAAAGAGACAAACAAAGAGATGTGAGTTTGGTTTGGTTTTGGGTTTTTAGGGGGTTGGTAGGGTTTGAGGTCCATATGCCTCGATCTTTCTCTTCTTTTTCCTTTTAATCTTTATTACAAAATTCGTCTAATTAAATCCACTCCGTGATCCATCGAACCATGCATACATAGTAACATATATATACTATAATCCCAGCGAAGTTGTTGGATTCAGTGCAAACACTTGTCAAAGGAGCAGTCCCGATCTGATTCCATCTTATTTTCGTTGTCTATTCGACCTTGGCTTTGGCTTTTACCATCACATATACAACTCTTTAAATAAAAAATGTTATTCAATCACATATATCTTAGCTCTACGGTCAGAATAGATACCAGATACAAACTTTCGATTCCTTAGGAAGTAACGACTCTAACTATACTTTGTCTATGTACAAGTTGTGAGAAATATCCATCGTCAGATAATTAAAAACACTATTGACAGGCTTAATTAAACTATCAATAAATACGGCAACTTTTTCACCTCATGATACACGTAAGTTCTGTAGATGCATACATTTTTAACAGTCATGCATATACTTATCATAACTTATGGTTTTGCGTATGTGGGGATTCAACAAACATGCTTAGCTATATGGAACTCTCTCACGTCAATATGTATATTAATATGTTTTGCATATACACATATCATACACAATAGGTAACCATTACCCTCAAACCGGATTAACCAAATTCTTAATTTAACACGGATGTTTCTATATATATTTAGGTCTTTCATGTCATTAGTTTCTATATACAGTTGTTTCTTCATATCGAATGTAAAACTTTATACAAAACTAAGAGAGAAAATCTCTATCTATATGACCATATAAATTTTGTAAATATGTTGAGAAAAAAATAAGACTTATAATCATACATACGTTCAATCCTTATATATATAGTACTATTGTATTATATATATACGTGTGTGCCTGTGATAAAACTATTTATGTTAAACCATAATTAAAAGAAGCAAAACCTCAGAAGCTAAATGTTTATATCGTCATCCAGATCAATCACAACTCGACACCATGGTTGATGATAAGAAGGATGCATGAATGAAATAATCGATAAGGGTTATAATTTAGGGTTTCGAGGACAGATCGAGGCCAAGGTCGAACAGACAACGAAACAAAGATGAGAACAAATAAGATTGCTCACTTTGACAAGCCTAGCATCGAACCCAACCACTTTTGATCATCATCATCTCCGTCTTCTCTTCTGATATCTACCATGTATTTTTTATTTTTTTGAGTCTCAATATTATTCTTAAGAGGTTATAAGAAAAATAAGATATTTTTGTGAAGGAGGACTGAGGAACCCTAGATACTTTATAGAAGAAGATATACAGTGGAGGTGGAGGTTCCACGCAGCCAACGATGACTTTATATAAGGAATACGACGAGGCTTGATAAAACATCTGGAGTAGAGAG

Conservation

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If the retrieved noncode belongs to plant:
qSpecies: Species of query noncode; rSpecies: Species of subject noncode; qTranscript: Query lncRNA;
rTranscript: Subject lncRNA; pIdent: Percentage of identical matches; qCovs: Query coverage per subject;
qStart: Start of alignment in query noncode; qEnd: End of alignment in query noncode;
rStart: Start of alignment in subject noncode; rEnd: End of alignment in subject noncode; Evalue: Expect value


 
pIdent >=   qCovs >=   Evalue <=  
qSpeciesrSpeciesqTranscriptrTranscriptpIdentqCovsqStartqEndrStartrEndEvalue
B.rapaB.napusNONBRAT004005.1NONBNAT001967.197.56511547232017710.0
B.rapaB.napusNONBRAT004005.1NONBNAT001967.197.72512310331079017950.0

Data Sources

Source NameOld Id
PNRDPNRD